Hacia los años 1500, la consagración de las iglesias en el lugar de las mezquitas, sobre los mismos edificios musulmanes, fue práctica habitual en los lugares del obispado de Guadix. Por lo cual, la iglesia de La Peza no es la excepción. 

En 1513, se derribó la iglesia para construir en el mismo lugar otra más amplia, un edificio  donde estuvo el Aljama. En este caso, se prolongó su obra en dirección al baño. Esto, con la construcción de una torre para campanario, que es la torre mudéjar una de las dos que existen hoy en día.

En 1569 Aben Humeya desciende de las alpujarras para hacerse con La Peza y a su paso incendia la parroquia reduciéndola a cenizas. No quedo nada. Por lo tanto, en 1571 se empezaba a hacer otra iglesia desde sus cimientos.

Hasta 1708, según las cuentas de fábrica, la estructura de la iglesia estaría sin concluirse. Pero fue entre 1716 y 1717, cuando se realizó una transformación de importancia al trasladar de sitio el altar mayor.

En 1725 se adquirió la pila bautismal, suponemos que hasta dicha fecha la pila bautismal de la parroquia fue la de mármol blanco que se conserva sin pie sobre un pedestal portátil.

En 1727 se construyó el primer cuerpo del retablo, de los tres que se tenían previstos a hacer. Estos, en un estilo renacentista decadente. En este mismo año, también se construyó el manifestador para el santísimo.

En el año 1728 se pagaron el segundo y el tercer cuerpo del retablo, pero no fue hasta 10 años después en 1738, cuando se concluyeron y se consagro el altar mayor. 

En el año 1790 se comenzó hacer la torre nueva, esta obra no estuvo exenta de polémica. Por una parte, los alcaides ordinarios de la villa decían que tal torre no hacía falta. Por otro lado, el obispo Fray Bernardo de Lorca y los beneficiados, consideraban que era urgente hacerla. Sobre todo, ante el temor de que la vieja torre mudéjar, la carraca, se hundiera en su cuerpo superior. Esto, por el peso de las campanas. Las cuales, no podían voltearse y podían provocar cualquier día una desgracia.

Recordemos que…

Existieron tres graves periodos  muy nefastos para el patrimonio de la iglesia. El primero, fue en 1568-1569 con motivo del levantamiento morisco y donde la iglesia fue incendiada.

El segundo, en 1810, con la entrada violenta de los franceses en la villa y en la iglesia. Donde destruyeron ornamentos y otros objetos sin determinar. Y por último, la guerra civil en 1936.

Se desconoce el proyecto inicial de esta iglesia, si es que se puede llamar así al plan que dio origen a la obra. Los dos grandes arcos góticos cegados, a la altura del coro, insinúan un crucero que no llego a realizarse, o cuanto menos, dos capillas laterales que resultaron excesivas para las pretensiones del templo